Gornja jezera čini sustav od 12 jezera međusobno odijeljenih sedrenim barijerama: Prošćansko jezero, Ciginovac, Okrugljak, Batinovac, Veliko jezero, Malo jezero, Vir, Galovac, Milino jezero, Gradinsko jezero, Veliki Burget i jezero Kozjak. Jezera su smještena na vodonepropusnoj dolomitnoj podlozi gornje trijaske starosti. Prošćansko jezero i Kozjak su najveća jezera cijelog sustava.
U Prošćansko jezero utječe rijeka Matica koja nastaje spajanjem Crne i Bijele rijeke u naselju Plitvički Ljeskovac. Jezero se nalazi na 636 m nadmorske visine, i drugo je po veličini u sustavu gornjih jezera s dubinom od 37 m. Lijeva obala nalazi se u Zoni najstrože zaštite te pristup posjetiteljima nije dozvoljen. Jezero završava sa zaravni Labudovac i Labudovačkom barijerom.
Dalje se nastavljaju jezera Ciginovac i Okrugljak. Na sjeverozapadnoj strani, u Okrugljak se ulijeva voda iz Ciginovca, dok više od 20 m visoki Labudovački slap ukrašava dio preko 100 m široke presušene sedrene barijere ispod koje se nalaze brojne šupljine, polušpilje i špilje nazvane zajedničkim imenom: špiljski vrt. Nekada se urezanim kamenim stepenicama moglo prolaziti između njih. Ispod samog Labudovačkog slapa bio je ulaz u Janečekovu pećinu - dugu više od 50 m. Danas dio slapišta pada na sam otvor i ulaz više nije moguć.
Slijede dalje jezera Batinovac, Veliko jezero, Malo jezero, Vir jezero,Galovac. Uz sjevernu stazu jezera Galovac, pod obroncima Stubice, nalaze se lijepi primjerci dolomitnih stijena. Čitava istočna strana jezera, dužine oko 200 m, značajna je po brojnim slapovima - zvanim Prštavci.
Nakon Galovca slijede Milino jezero, Gradinsko i Burgeti. Uz rub Burgeta u šumi je ostatak malog kamenoga zdanja u kojemu se nekada nalazio pokušaj iskorištavanja toka plitvičkih voda za proizvodnju električne struje. Iz Burgeta se voda ulijeva u jezero Kozjak.
Jezero Kozjak je posljednje u nizu Gornjih jezera na nadmorskoj visini od 534 m, najveća dubina mu je 46 m. Osim voda slapova Burgeta, u Kozjak se ulijeva stalni potok Rječica. Istočna strana Kozjaka izgrađena je od okršenih rudistnih vapnenaca kredne starosti.
Prije otprilike 400 godina jezero Kozjak bilo je podijeljeno u dva jezera koja su bila odvojena slapom visine oko 40 m. Međutim, sedrena barijera na kraju jezera Kozjak (Kozjački mostovi) rasla je puno brže nego barijera koja ga je razdvajala. Na taj način se podizala razina vode jezera i postupno prekrivala slap. Kada je barijera bila potopljena, jezero se spojilo u jedno, kakvim ga danas vidimo.
Specifičnost ovoga jezera je Štefanijin otok, dužine 275 m, širine oko 60 m, s površinom od 0,014 km2. Otok izgrađuju dolomitne stijene trijaske starosti na kojem rastu bukva i ljeska uz ostalo nisko grmlje.