Do najlepiej zachowanych części Pałacu zalicza się system podziemnych pomieszczeń. System ten czasami nazywany jest „salami podziemnymi”, które stanowią podbudowę cesarskich pomieszczeń mieszkalnych, a znajdują się w południowej części Pałacu. W celu wyrównania nachylenia terenu od północnej strony na południe, budowniczy Pałacu wybudowali w części południowej system podziemnych pomieszczeń, których jedyną funkcją było podpieranie górnych pięter, gdzie znajdował się cesarski kompleks mieszkalny. Z tego powodu podziemia miały dokładnie taki sam układ pomieszczeń jak „mieszkanie” Dioklecjana. W czasie przekształcania Pałacu w miasto, większą część kompleksu mieszkalnego zburzono, ale podziemia zachowały się w doskonałym stanie. W przeciwieństwie do pomieszczeń cesarskich na górnych piętrach, które zostały zburzone i przerobione na średniowieczne obiekty mieszkalne i ulice, podziemia zostały zasypane odpadami i śmieciami miejskimi, które przez wieki były tam gromadzone, ale ściany i sklepienia podziemi przetrwały. Ściany podziemi zostały naruszone głównie we wschodniej części, skąd wydobywano kamień potrzebny do budowy średniowiecznej dzwonnicy katedry.